内科系统

内科系统承担疑难危急重症救治、应急救援、干部保健及涉外医疗任务，是重庆市SARS、甲型H1N1流感等重大传染病重症病例救治首要单位和专家组长单位。 形成了器官移植、微创、介入、无痛诊疗等优势技术，推行以疾病为链条的多学科诊疗模式。

外科系统

外科系统承担疑难危急重症救治、应急救援、干部保健及涉外医疗任务，是重庆市唯一一家同时获肝、肾移植技术准入的地方医院。 形成了器官移植、微创、介入、无痛诊疗等优势技术，推行以疾病为链条的多学科诊疗模式。

医技科室

医技科室承担疑难危急重症救治、应急救援、干部保健及涉外医疗任务。 形成了器官移植、微创、介入、无痛诊疗等优势技术，推行以疾病为链条的多学科诊疗模式。

职能部门

拥有国家中医药管理局“中医老年病重点专科”1个。获批卫生部培训基地14个，重庆市临床诊疗中心27个，重庆市医疗质量控制中心20个，重庆市专科护士培训基地10个。各学科均形成了自身的特色优势，综合诊断治疗水平居国内先进行列。